Оценка возраста мутации c.1621C>T p.(Gln541*) в гене FYCO1, ответственном за развитие аутосомно- рецессивной врожденной катаракты, в популяции якутов

Основной причиной врожденной или ювенильной катаракты с аутосомно-рецессивным типом наследования в Якутии является нонсенс-мутация c.1621C>T p.(Gln541*) в 8-м экзоне гена FYCO1. Проведенные ранее исследования показали, что мутация c.1621C>T p.(Gln541*) распространилась на территории Якутии в результате эффекта основателя. Первоначальная оценка среднего «возраста» мутации с использованием данных неравновесия по сцеплению трех STR-маркеров – D3S3685, D3S3582, D3S3561 показала результат ~10,4±2,6 поколения (260±65,0 лет). В настоящем исследовании нами был использован другой подход определения «возраста» мутации c.1621C>T p.(Gln541*), с помощью программного обеспечения DMLE+ 2.3 на основе анализа 25 SNP-маркеров. Рассчитанный DMLE+ 2.3 «возраст» мутации, c учетом 95%-ного доверительного интервала, варьирует от 25 до 67 поколений (от 625 до 1675 лет). Совокупные данные показывают, что мутация c.1621C>T p.(Gln541*) могла возникнуть в период между IV и XVIII вв. с наиболее вероятным временем экспансии с XI в.

1. Алексеев А.Н. Древняя Якутия: железный век и эпоха средневековья / А.Н. Алексеев, отв. ред. В.Е. Ларичев; – Новосибирск: Институт археологии и этнографии Сибирского отделения Российской академии наук, 1996. – 95 с. – История и культура Востока Азии. – ISBN 5-7803-0008-9.

2. Алексеев А.Н. Формирование якутского народа / А.Н. Алексеев, Р.И. Бравина // История Якутии: в 3 т. – Новосибирск: Новосиб. филиал ФГУП "Академический научно-издательский и книгораспространительский центр "Наука", 2020. – Т.1. – С. 223-230.

3. Гоголев А.И. Археологические памятники Якутии позднего средневековья (XIV XVIII вв.) / А.И. Гоголев. Иркутск: Изд-во Иркут. унта, 1990. 188 с. -ISBN 5-7430-0077-8.

4. Первая всеобщая перепись населения Российской империи 1897 года / Под ред. Н.А. Тройницкого. СПб.: Изд. Центр. Стат. комитета М-ва внутр. дел, 1897 1905.

5. Федорова С.А., Генетическая история народов Якутии и наследственно-обусловленные болезни / С.А. Федорова, Э.К. Хуснутдинова. – Новосибирск: Наука, 2015. – 328 с. – ISBN 978-5-02-038663-1.

6. Фишер И.Э. Сибирская история с самого открытия Сибири до завоевания сий земли Российским оружием / И.Э. Фишер. СПб.: Имперская академия наук, 1774. 632 с.

7. A nationwide Danish study of 1027 cases of congenital/infantile cataracts: etiological and clinical classifications / B. Haargaard, J. Wohlfahrt, H.C. Fledelius [et al.] // Ophthalmology. 2004;111(12):2292-8. doi: 10.1016/j.ophtha.2004.06.024.

8. Autosomal and uniparental portraits of the native populations of Sakha (Yakutia): implications for the peopling of Northeast Eurasia / S.A. Fedorova, M. Reidla, E. Metspalu [et al.] // BMC evolutionary biology. 2013. 13:127. doi 10.1186/1471-2148-13-127.

9. Autosomal recessive cataract (CTRCT18) in the Yakut population isolate of Eastern Siberia: a novel founder variant in the FYCO1 gene / N.A Barashkov, F.A. Konovalov, T.V. Borisova [et al.] // Eur J Hum Genet. 2021;29(6):965-976. doi: 10.1038/s41431-021-00833-w.

10. Estimating the age of the p.Cys433Arg variant in the MYOC gene in patients with primary open-angle glaucoma / A.M. Marques, G. Ananina, V.P. Costa [et al.] // PLoS One. 2018;13(11):e0207409. doi: 10.1371/journal.pone.0207409.

11. François J. Genetics of cataract // Ophthalmologica. 1982;184(2):61-71. doi: 10.1159/000309186.

12. Genetic analysis of idiopathic torsion dystonia in Ashkenazi Jews and their recent descent from a small founder population / N. Risch, D. Leon, L. Ozelius [et al.] // Nat Genet. 1995(9):152– 159. https://doi.org/10.1038/ng0295-152

13. Hejtmancik J.F. Congenital cataracts and their molecular genetics. Semin Cell Dev Biol. 2008;19(2):134-49. doi: 10.1016/j.semcdb.2007.10.003.

14. Labuda D., Zietkiewicz E., Labuda M. The genetic clock and the age of the founder effect in growing populations: a lesson from French Canadians and Ashkenazim. Am J Hum Genet. 1997;61(3):768-71.

15. Linkage disequilibrium mapping in isolated founder populations: diastrophic dysplasia in Finland / J. Hästbacka, A. de la Chapelle, I. Kaitila [et al.] // Nat Genet. 1992;2(3):204-211. doi:10.1038/ ng1192-204

16. Merin S. Inherited eye diseases. New York:Marcel Dekker Inc.;1991:86–120.

17. Origins and prevalence of the American Founder Mutation of MSH2. M. Clendenning, M.E. Baze, S. Sun [et al.] // Cancer Res. 2008;68(7):2145-53. doi: 10.1158/0008-5472. CAN-07-6599.

18. Rannala B., Reeve J.P. Joint Bayesian estimation of mutation location and age using linkage disequilibrium. Pac Symp Biocomput. 2003;526534. doi:10.1142/9789812776303_0049.

19. Reeve J.P., Rannala B. DMLE+: Bayesian linkage disequilibrium gene mapping. Bioinformatics. 2002;18(6):894-5. doi: 10.1093/bioinformatics/18.6.894.

20. Robinson G.C., Jan J.E., Kinnis C. Congenital Ocular Blindness in Children, 1945 to 1984. Am J Dis Child. 1987;141(12):1321–1324. doi:10.1001/archpedi.1987.04460120087041

21. Shiels A, Bennett T.M., Hejtmancik J.F. Cat-Map: putting cataract on the map. Mol Vis. 2010;16:2007-15.

22. The structure and diversity of hereditary pathology in Sakha Republic (Yakutia). L. Tarskaia, R. Zinchenko, G. Elchinova [et al.] // Russ J Genet. 2004;40:1264–72. https://doi.org/10.1023/B:RUGE.0000048669. 22362.1c.