Генетическое разнообразие в якутской популяции по локусам, ассоциированным с индексом массы тела и ожирением
https://doi.org/10.25789/YMJ.2019.67.06
Аннотация
В представленном исследовании в популяционной выборке якутов изучена изменчивость частот аллелей однонуклеотидных полиморфизмов, ассоциированных с ИМТ и ожирением, по данным GWAS. Полученные результаты сопоставлены с данными по 20 популяциям из международного проекта «1000 геномов». Выявлены генетические маркеры, вносящие наибольший вклад в генетическую дифференциацию популяций.
При поддержке: Работа выполнена при поддержке РФФИ № 18-04-00758.
Об авторах
А. А. Попович
НИИ медицинской генетики ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»
Россия
Россия
Попович Анастасия Андреевна – к.б.н., м.н.с.
Е. А. Трифонова
НИИ медицинской генетики ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»
Россия
Россия
Трифонова Екатерина Александровна – к.м.н., н.с.
А. В. Бочарова
НИИ медицинской генетики ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»
Россия
Россия
Бочарова Анна Владимировна – м.н.с.
К. В. Вагайцева
НИИ медицинской генетики ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»
Россия
Россия
Вагайцева Ксения Валерьевна – к.б.н., н.с.
Н. Р. Максимова
СВФУ им. М.К. Аммосова
Россия
Россия
Максимова Надежда Романовна – д.м.н., гл.н.с. Клиники МИ
В. А. Степанов
НИИ медицинской генетики ФГБНУ «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук»
Россия
Россия
Степанов Вадим Анатольевич – д.б.н., член-корр. РАН, руковод. лаб., врио директора
Список литературы
1. Алексеева Т. И. Географическая среда и биология человека / Т. И. Алексеева. – М. : Мысль, 1977. – 302 с.
2. Животовский Л.А. Популяционная биометрия / Л.А. Животовский. – М.: Наука, 1991. – 271 с.
3. Министерство здравоохранения Российской Федерации https://www.rosminzdrav.ru/ministry/61/22/stranitsa-979/statisticheskie-i-informatsionnye-materialy/statisticheskiy-sbornik-2017-god Accessed May 20, 2019.
4. Степанов В.А. Мультиплексное генотипирование однонуклеотидных полиморфных маркеров методом MALDI-TOF массспектрометрии: частоты 56 SNP в генах иммунного ответа в популяциях человека / В.А. Степанов, Е.А. Трифонова // Молекулярная биология. – 2013. – №47(6). – С. 976-986. DOI: 10.7868/S0026898413060153.
5. Степанов В.А. Этногеномика населения Сибири и Средней Азии / В.А. Степанов. – Томск: Печатная мануфактура, 2002. – 242 с.
6. Adenylate cyclase 3: a new target for anti-obesity drug development / L. Wu, C. Shen, M. Seed Ahmed [et al.] // Obes Rev. – 2016. – 17(9). – Р. 907-914. DOI: 10.1111/obr.12430.
7. Association analyses of 249,796 individuals reveal 18 new loci associated with body mass index / E.K. Speliotes, C.J. Willer, S.I. Berndt [et al.] // Nat Genet. – 2010. – 42(11). – P. 937-948. DOI:10.1038/ng.686.
8. Between Lake Baikal and the Baltic Sea: genomic history of the gateway to Europe / P. Triska, N. Chekanov, V. Stepanov [et al.] // BMC Genet. – 2017. – 18(1). DOI: 10.1186/s12863-017-0578-3.
9. Body mass index in midlife and late-life as a risk factor for dementia: a meta-analysis of prospective studies / K.J. Anstey, N. Cherbuin, M. Budge [et al.] // Obes Rev Off J Int Assoc Study Obes. – 2011. – 5. – P. 426-437. DOI: 10.1111/j.1467-789X.2010.00825.x.
10. Brain structure and obesity / C.A. Raji, A.J. Ho, N.N. Parikshak [et al.] // Hum Brain Mapp. –2010. – 31(3). – P. 353-364. DOI: 10.1002/hbm.20870.
11. Discacciati A. Body mass index and incidence of localized and advanced prostate cancer--a dose-response meta-analysis of prospective studies / A. Discacciati, N. Orsini, A. Wolk // Ann Oncol Off J Eur Soc Med Oncol ESMO. – 2012. – 23(7). – P. 1665-1671. DOI: 10.1093/annonc/mdr603.
12. Evidence for a strong genetic influence on childhood adiposity despite the force of the obesogenic environment / J. Wardle, S. Carnell, C.M. Haworth [et al.] // Am J Clin Nutr. – 2008. – 87. – P. 398-404.
13. Genetic studies of body mass index yield new insights for obesity biology / A.E. Locke, B. Kahali, S.I. Berndt [et al.] // Nature. – 2015. – 518(7538). – P. 197-206. DOI:10.1038/nature14177.
14. Genome-wide association analysis identifies three new susceptibility loci for childhood body mass index / J.F. Felix, J.P. Bradfield, C. Monnereau [et al.] // Hum Mol Genet. – 2016. – 25(2). – P. 389-403. DOI:10.1093/hmg/ddv472.
15. Genome-wide association study identifies 112 new loci for body mass index in the Japanese population / M. Akiyama, Y. Okada, M. Kanai [et al.] // Nat Genet. – 2017. – 49(10). – P. 1458-1467. DOI: 10.1038/ng.3951.
16. Genome-wide meta-analysis identifies 11 new loci for anthropometric traits and provides insights into genetic architecture / S.I. Berndt, S. Gustafsson, R. Mägi [et al.] // Nat Genet. – 2013. – 45(5) – P. 501-512. DOI:10.1038/ng.2606.
17. Genome-wide meta-analysis of 241,258 adults accounting for smoking behaviour identifies novel loci for obesity traits / A.E. Justice, T.W. Winkler, M.F. Feitosa [et al.] // Nat Commun. – 2017. – 8. DOI: 10.1038/ncomms14977.
18. Genome-wide physical activity interactions in adiposity - A meta-analysis of 200,452 adults / M. Graff, R.A. Scott, A.E. Justice [et al.] // PLoS Genet. – 2017. – 13(4). e1006528. DOI: 10.1371/journal.pgen.1006528.
19. GWAS Catalog [Electronic resource]. URL: https://www.ebi.ac.uk/gwas/ Accessed September 30, 2018.
20. HaploReg v4.1 [Electronic resource]. URL: https://pubs.broadinstitute.org/mammals/haploreg/haploreg.php Accessed September 12, 2018.
21. Larsson S.C. Obesity and the risk of gallbladder cancer: a meta-analysis / S.C. Larsson, A. Wolk // Br J Cancer. – 2007. – 96(9) – P. 1457-1461.
22. Larsson S.C. Overweight and obesity and incidence of leukemia: a meta-analysis of cohort studies / S.C. Larsson, A. Wolk // Int J Cancer J Int Cancer. – 2008. – 122(6). – P. 1418–1421.
23. Larsson S.C. Overweight, obesity and risk of liver cancer: a meta-analysis of cohort studies / S.C. Larsson, A. Wolk // Br J Cancer. – 2007. – 97(7). – P. 1005-1008.
24. Many obesity-associated SNPs strongly associate with DNA methylation changes at proximal promoters and enhancers / S. Voisin, M.S. Almén, G.Y. Zheleznyakova [et al.] // Genome Med. – 2015. – 7. – Р.103. DOI: 10.1186/s13073-015-0225-4.
25. Maternal preconception body mass index and offspring cord blood DNA methylation: exploration of early life origins of disease / X. Liu, Q. Chen, H.J. Tsai [et al.] // Environ Mol Mutagen. – 2014. – 55(3). – Р. 223-230. DOI: 10.1002/em.21827.
26. Obesity and the risk of epithelial ovarian cancer: a systematic review and meta-analysis / C.M. Olsen, A.C. Green, D.C. Whiteman [et al.] // Eur J Cancer Oxf Engl 1990. – 2007. – 43(4). – P. 690-709.
27. Polednak A.P. Estimating the number of U.S. incident cancers attributable to obesity and the impact on temporal trends in incidence rates for obesity-related cancers / A.P. Polednak // Cancer Detect Prev. –2008 – 32(3). – P. 190-199. DOI: 10.1016/j.cdp.2008.08.004.
28. Reinert K.R.S. The Relationship between Executive Function and Obesity in Children and Adolescents: A Systematic Literature Review / K.R.S Reinert, E.K. Po’e, S.L. Barkin [et al.] // J Obes. – 2013. – P. 1-10. DOI: 10.1155/2013/820956.
29. The magnitude of association between overweight and obesity and the risk of diabetes: A meta-analysis of prospective cohort studies / A. Abdullah, A. Peeters, M. de Courten [et al.] // Diabetes Res Clin Pract. – 2010. – 89(3). – P. 309-319. DOI: 10.1016/j.diabres.2010.04.012.
Рецензия
Для цитирования:
Попович А.А., Трифонова Е.А., Бочарова А.В., Вагайцева К.В., Максимова Н.Р., Степанов В.А. Генетическое разнообразие в якутской популяции по локусам, ассоциированным с индексом массы тела и ожирением. Якутский медицинский журнал. 2019;(3):23-26. https://doi.org/10.25789/YMJ.2019.67.06
For citation:
Popovich A.A., Trifonova E.A., Bocharova A.V., Vagaitseva K.V., Maximova N.R., Stepanov V.A. Genetic diversity in Yakut population by loci associated with body mass index and obesity. Yakut Medical Journal. 2019;(3):23-26. (In Russ.) https://doi.org/10.25789/YMJ.2019.67.06
Просмотров:
0
Послать статью по эл. почте 