Распространенность восточноазиатских (East Asian cagA) и западных вариантов гена cagA (Western cagA) Helicobacter pylori в Якутии
https://doi.org/10.25789/YMJ.2021.74.16
Аннотация
Приведены результаты изучения распространенности восточноазиатских и западных вариантов гена cagA среди штаммов Helicobacter pylori в Якутии. В исследованной нами выборке образцов ДНК Helicobacter pylori (H. pylori), выделенных из биоптатов пациентов с гастродуоденальными заболеваниями, преобладают западные варианты гена cagA (Western cagA), в то время как восточноазиатские варианты гена cagA (East Asian cagA) не были обнаружены. Остальные образцы не относятся ни к западному (Western cagA), ни к восточноазиатскому (East Asian cagA) варианту гена cagA, что может указывать на наличие специфических локальных вариантов гена cagA среди штаммов Н. pylori, циркулирующих в Якутии.
Ключевые слова
Helicobacter pylori,
восточноазиатский вариант cagA (East Asian cagA),
западный вариант cagA (Western cagA),
мотив EPIYA,
Якутия
При поддержке: Работа выполнена в рамках НИР ЯНЦ КМП «Изучение генетической структуры и груза наследственной патологии популяций Республики Саха (Якутия)» и базовой части госзадания Министерства науки и образования РФ (FSRG-2020-0016).
Об авторах
Н. Н. Готовцев
ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем»
Россия
Россия
Готовцев Ньургун Наумович – н.с.
Н. А. Барашков
ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем»
Россия
Россия
Барашков Николай Алексеевич – к.б.н., в.н.с.-руковод. лаб.
В. Г. Пшенникова
ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем»
Россия
Россия
Пшенникова Вера Геннадиевна – к.б.н., в.н.с.-руковод. лаб.
М. В. Пак
ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова»
Россия
Россия
Пак Мария Владимировна – аспирант Медицинского института
г. Якутск
К. С. Лоскутова
ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова»
Россия
Россия
Лоскутова Кюнняй Саввична – к.м.н., доцент Медицинского института
г. Якутск
С. А. Федорова
ФГАОУ ВО «Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова»
Россия
Россия
Федорова Сардана Аркадьевна – д.б.н., зав. науч.-иссл. лаб. Института естественных наук
г. Якутск
Список литературы
1. Момыналиев К.Т. Геномно-протеомная характеристика вариабельности Helicobacter pylori: Автореферат диссертации на соискание учёной степени д.б.н. / К.Т. Момыналиев // (03.00.04). – М., 2009. – 45 с.
2. Филогенетический анализ штаммов Helicobacter pylori циркулирующих в Якутии по данным трех генов домашнего хозяйства atpA, mutY, ppa / Т.В. Борисова, Н.Н. Готовцев, Н.А. Барашков [и др.] // Вестник Северо-Восточного федерального университета имени М.К. Аммосова. 2018. №5 (67). С.15-24.
3. A comprehensive sequence and disease correlation analyses for the C-terminal region of CagA protein of Helicobacter pylori / Y. Xia, Y. Yamaoka, Q. Zhu [et al.] // PLoS One. 2009;4:e7736.
4. Association between diversity in the Src homology 2 domain-containing tyrosine phosphatase binding site of Helicobacter pylori CagA protein and gastric atrophy and cancer / T. Azuma, S. Yamazaki, A. Yamakawa [et al.] // J Infect Dis 2004; 189: 820–7. doi.org/10.1086/381782.
5. Association between Helicobacter pylori virulence factors and gastroduodenal diseases in Okinawa, Japan / O. Matsunari, S. Shiota, R. Suzuki [et al.] // J Clin Microbiol. 2012;50(3). P. 876-883. doi:10.1128/JCM.05562-11.
6. Biological activity of the Helicobacter pylori virulence factor cagA is determined by variation in the tyrosine phosphorylation sites / H. Higashi, R. Tsutsumi, A. Fujita [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. 2002;99:14428–14433. doi: 10.1073/pnas.222375399.
7. CagA C-terminal variations in Helicobacter pylori strains from Colombian patients with gastric precancerous lesions / L.A. Sicinschi, P. Correa, R.M. Peek [et al.] // Clin Microbiol Infect. 2010. 16(4). P. 369-378. doi:10.1111/j.1469-0691.2009.02811.x.
8. c-Src/Lyn kinases activate Helicobacter pylori cagA through tyrosine phosphorylation of the EPIYA motifs / M. Stein, F. Bagnoli, R. Halenbeck [et al.] // Mol Microbiol. 2002;43:971–980. doi: 10.1046/j.1365-2958.2002.02781.x.
9. Determinants and consequences of different levels of cagA phosphorylation for clinical isolates of Helicobacter pylori / R. Argent, M. Kidd, R. Owen [et al.] // Gastroenterology. 2004;127:514–523.
10. Determination of CagA EPIYA motif in Helicobacter pylori strains isolated from patients with digestive disorder / M. Khaledi, N. Bagheri, M. Validi [et al.] // Heliyon. 2020;6(9):e04971. Published 2020 Sep 23. doi:10.1016/j.heliyon.2020.e04971.
11. Distinct cagA EPIYA motifs are associated with ethnic diversity in Malaysia and Singapore / Schmidt H.M., Goh K.L., Fock K.M. [et al.] // Helicobacter 2009; 14: 256–63.
12. Distinct Genetic Variation of Helicobacter pylori cagA, vacA, oipA, and sabA Genes in Thai and Korean Dyspeptic Patients / W. Boonyanugomol, W. Kongkasem, P. Palittapongarnpim [et al.] // Microbiology and Biotechnology Letters. 2018. 46 (3). P. 261–268. doi.org/10.4014/mbl.1802.02002.
13. Distinguishing human ethnic groups by means of sequences from Helicobacter pylori: lessons from Ladakh / T. Wirth, X. Wang, B. Linz // Proc Natl Acad Sci U S A. 2004;101:4746–4751.
14. Diverse characterization of the cagA gene of Helicobacter pylori strains in gastric cancer and peptic ulcer patients from Southern Vietnam / Truong B.X., Mai V.T.C., Tanaka H. [et al.] // J Clin Microbiol 2009; 47: 4021–8.
15. Diversity of the cagA gene of Helicobacter pylori strains from patients with gastroduodenal diseases in the Philippines / M.C. Cortes, A. Yamakawa, C.R. Casingal [et al.] // FEMS Immuno Med Microbiol 2010; 60: 90–7.
16. Effective Methods of Nucleic Acids extraction for Analysis in Molecular Biology (review) / O.S. Antonova, N.A. Korneva, Yu. V. Belov [et al.] // Scientific Instrument Making. – T. – 20. – № 1. – 2010. – P. 3-9.
17. EPIYA Motif Polymorphism of cagA Gene in Helicobacter Pylori Isolated From Patients Suffering with Gastroduodenal Diseases / C.K. Roy, S. Ahmed, A.B.N. Sattar [et al.] // International Journal of Medical Research Professionals. 2016. P. 1172.
18. Gastric mucosa in Mongolian and Japanese patients with gastric cancer and Helicobacter pylori infection. / T. Matsuhisa, Y. Yamaoka, T. Uchida // World J Gastroenterol. 2015 Jul 21; 21(27):8408-17.
19. Hatakeyama M. Anthropological and clinical implications for the structural diversity of the Helicobacter pylori cagA oncoprotein / M. Hatakeyama // Cancer Sci. 2011;102:36–43. doi: 10.1111/j.1349-7006.2010.01743.x.
20. Helicobacter pylori infection, glandular atrophy and intestinal metaplasia in superficial gastritis, gastric erosion, erosive gastritis, gastric ulcer and early gastric cancer / Z. Chuan, Y. Nobutaka, Y.-LWu et al. // World J. Gastroenterol. — 2005. — Vol. 11, № 6. — P. 791-796.
21. Helicobacter pylori virulence and genetic geography / A. Covacci, J.L. Telford, G.D. Giudice // Science. 1999; 284. P. 1328–1333.
22. H. pylori iceA, clinical outcomes, and correlation with cagA: a meta-analysis / S. Shiota, M. Watada, M. Osamu [et al.] // PLoS ONE. – 2012;7(1):e30354.
23. Helicobacter pylori Western cagA genotype in Egyptian patients with upper gastrointestinal disease / D Manal., S. Mohamed, G. Doaa [et al.] // Egyptian Journal of Medical Human Genetics, Volume 19, Issue 4, 2018. P. 297-300, ISSN 1110-8630.
24. Infection with Helicobacter pylori strains possessing cagA is associated with an increased risk of developing adenocarcinoma of the stomach / M.J. Blaser, G.I., Perez-Perez H. Kleanthous [et al] // Cancer Res. 1995. 55(10):2111-5
25. Molecular epidemiology and outcome of Helicobacter pylori infection in Thailand: a cultural cross roads / R.K. Vilaichone, V. Mahachai, S. Tumwasorn [et al.] // Helicobacter. 2004. 5: P. 453–9.
26. Molecular epidemiology of Helicobacter pylori: Separation of H. pylori from East Asian and non-Asian countries / Y. Yamaoka, M. Osato, A. Sepulveda [et al.] // Epidemiology and Infection. 2000. 124(1). P. 91-96. doi:10.1017/S0950268899003209
27. Prevalence and correlation with clinical diseases of Helicobacter pylori cagA and vacA genotype among gastric patients from Northeast China / F. Aziz, X. Chen, X. Yang // BioMed research international. 2014. 142980. doi.org/10.1155/2014/142980
28. Recombination and clonal groupings within Helicobacter pylori from different geographical regions / M. Achtman, T. Azuma, D.E. Berg [et al.] // Mol Microbiol. 1999. 32. P. 459–470.
29. Relationship between the diversity of the cagA gene of Helicobacter pylori and gastric cancer in Okinawa, Japan / S. Satomi, A. Yamakawa, S. Matsunaga [et al.] // J Gastroenterol 2006; 41: 668–73.
30. Role of Helicobacter pylori cagA EPIYA motif and vacA genotypes for the development of gastrointestinal diseases in Southeast Asian countries: a meta-analysis / S. Sahara, M. Sugimoto, R.K. Vilaichone [et al.] // BMC Infect Dis. 2012;12:223. Published 2012 Sep 21. doi:10.1186/1471-2334-12-223.
31. Strategy to characterize the number and type of repeating EPIYA phosphorylation motifs in the carboxyl terminus of CagA protein in Helicobacter pylori clinical isolates / E.G. Panayotopoulou, D.N. Sgouras, K. Papadakos [et al.] // J Clin Microbiol. 2007. 45(2): P. 488-495. doi: 10.1128/JCM.01616-06.
32. The EPIYA-ABCC motif pattern in CagA of Helicobacter pylori is associated with peptic ulcer and gastric cancer in Mexican population / F.O. Beltrán-Anaya, T.M. Poblete, A. Román-Román [et al.] // BMC Gastroenterol 14, 223 (2014). doi.org/10.1186/s12876-014-0223-9.
33. The Helicobacter pylori vacA s1, m1 genotype and cagA is associated with gastric carcinoma in Germany / S. Miehlke, C. Kirsch, K. Agha-Amiri [et al.] // Int. J. Cancer. 2000; 87: 322-327. doi:10.1002/1097-0215(20000801)87:3<322::AIDIJC3>3.0.CO;2-M.
34. Western-Type Helicobacter pylori CagA are the Most Frequent Type in Mongolian Patients / T. Tserentogtokh, B. Gantuya, P. Subsomwong [et al.] // Cancers (Basel). 2019;11(5):725. 2019 May 24. doi:10.3390/cancers11050725.
Рецензия
Для цитирования:
Готовцев Н.Н., Барашков Н.А., Пшенникова В.Г., Пак М.В., Лоскутова К.С., Федорова С.А. Распространенность восточноазиатских (East Asian cagA) и западных вариантов гена cagA (Western cagA) Helicobacter pylori в Якутии. Якутский медицинский журнал. 2021;(2):63-67. https://doi.org/10.25789/YMJ.2021.74.16
For citation:
Gotovtsev N.N., Barashkov N.A., Pshennikova V.G., Pak M.V., Loskutova K.S., Fedorova S.A. Prevalence of East Asian (East CagA) and Western variants of the cagA (Western cagA) gene of Helicobacter pylori in Yakutia. Yakut Medical Journal. 2021;(2):63-67. https://doi.org/10.25789/YMJ.2021.74.16
Просмотров:
15
Послать статью по эл. почте 