«Якутский медицинский журнал» (далее журнал) учрежден в 2003 г. Якутским научным центром Российской академии медицинских наук и Правительства Республики Саха (Якутия) (ныне ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем») и является его официальным изданием. Первым главным редактором журнала был основатель и первый директор учреждения доктор медицинских наук, профессор Алкивиад Исидорович Иванов.

Якутский научный центр комплексных медицинских проблем является учреждением, подведомственным Министерству науки и высшего образования Российской Федерации, деятельность которого направлена на решение ключевых медико-биологических вопросов изучения здоровья человека на Северо-Востоке России с разработкой инновационных технологий диагностики, лечения и профилактики распространенных социально значимых заболеваний.

Журнал зарегистрирован Саха-Якутским территориальным управлением Министерства Российской Федерации по делам печати, телевещания и средств массовых коммуникаций от 30 октября 2003 г. и перерегистрирован Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций РС (Я) 21.08.2023.