ymjЯкутский медицинский журналYakut Medical Journal1813-19052312-1017ЯНЦ КМП10.25789/YMJ.2025.92.07ymj-3062Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL RESEARCHВариабельность генов PNPLA3 и GCKR, их влияние на биохимические показатели у жителей Республики Саха (Якутия)Variability of PNPLA3 and GCKR genes and their influence on biochemical parameters in residents of the Republic of Sakha (Yakutia)https://orcid.org/0000-0001-7862-1876ПавловаН. И.PavlovaN. I.

Павлова Надежда Ивановна – к.б.н., в.н.с., рук. лаборатории наследственной паталогии отдела молекулярной генетики.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

solnishko_84@inbox.ruhttps://orcid.org/0009-0008-5414-4102БочуровА. А.BochurovA. A.

Бочуров Алексей Алексеевич – м.н.с.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

binbaher@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0005-5977-5518КрыловА. В.KrylovA. V.

Крылов Алексей Васильевич – м.н.с.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

alexkrulovwork@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-2143-0021КононоваС. К.KononovaS. K.

Кононова Сардана Кононовна – к.б.н., гл.н.с., рук. отдела молекулярной генетики.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

konsard@rambler.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5225-5940ЕфремоваС. Д.EfremovaS. D.

Ефремова Светлана Дмитриевна – м.н.с.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

esd64@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0010-9850СофроноваС. И.SofronovaS. I.

Софронова Саргылана Ивановна – к.м.н., гл.н.с., рук. научно-организационного и информационно-издательского отдела.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

sara2208@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2841-0357КуртановХ. А.KurtanovKh. A.

Куртанов Харитон Алексеевич – к.м.н., вед. эксперт группы научно-исследовательской биотехнологической лаборатории отдела научно-технологического развития, ГАУ РС(Я) «Технопарк “Якутия”».

677009, Якутск, ул. Труда, 1

hariton_kurtanov@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4817-5315РомановаА. Н.RomanovaA. N.

Романова Анна Николаевна – д.м.н., директор.

677000, Якутск, ул. Ярославского, 6/3

ranik@mail.ruФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем»Russian FederationГАУ РС(Я) «Технопарк “Якутия”»Russian FederationФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблемRussian Federation202530122025043439Copyright © Павлова Н.И., Бочуров А.А., Крылов А.В., Кононова С.К., Ефремова С.Д., Софронова С.И., Куртанов Х.А., Романова А.Н., 20252025Павлова Н.И., Бочуров А.А., Крылов А.В., Кононова С.К., Ефремова С.Д., Софронова С.И., Куртанов Х.А., Романова А.Н.Pavlova N.I., Bochurov A.A., Krylov A.V., Kononova S.K., Efremova S.D., Sofronova S.I., Kurtanov K.A., Romanova A.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://ymj.elpub.ru/jour/article/view/3062

В статье представлено исследование по изучению частот вариантов генов PNPLA3 и GCKR в выборках якутов, эвенков и русских. Всего участвовало 728 чел, проживающих в Республике Саха (Якутия) (331 якутов, 147 эвенков и 250 русских). Однонуклеотидные полиморфизмы определяли методом полимеразной цепной реакции с последующим анализом полиморфизма длин рестрикционных фрагментов. В результате исследования установлены достоверные различия между исследованными выборками. По полиморфизму rs738409 гена PNPLA3 якуты и эвенки аллель G составил 72-75% против 53% у русских. По полиморфизму rs2294918 протективный аллель A практически отсутствует у якутов (6,7%) и очень редок у эвенков (17%), популяция русских имеет значительно более высокую долю A (43%). По rs1260326 гена GCKR, рисковый аллель T оказался чаще у русских, чем у якутов и эвенков. По связанному SNP rs780094 русские имеют более высокий процент, рискового аллеля А, около 48% против 40% у якутов и 44% у эвенков. Анализ неравновесия по сцеплению (LD) между парой полиморфизмов rs738409 и rs2294918 в гене PNPLA3 показал крайне слабую связь этих SNP. Полиморфизмы rs780094 и rs1260326 GCKR продемонстрировали сильную сцепленность во всех трех исследованных выборках. У русских в выборке отмечена связь генотипа полиморфизма rs738409 PNPLA3 с концентрацией триглицеридов, а полиморфизмы гена GCKR показали значимое влияние на активность АЛТ. Полученные данные согласуются с гипотезой, что некоторые патологичные аллели закрепились у северных народов благодаря прежним адаптивным преимуществам, однако в современных условиях из благоприятных стали вредоносными.

The article presents a study of the frequencies of PNPLA3 and GCKR gene variants in samples of Yakuts, Evenks, and Russians. A total of 728 people living in the Sakha Republic (Yakutia) participated (331 Yakuts, 147 Evenks, and 250 Russians). Single nucleotide polymorphisms were determined by polymerase chain reaction followed by restriction fragment length polymorphism analysis. The study revealed significant differences between the studied samples. For the rs738409 polymorphism of the PNPLA3 gene, the G allele was 72-75% in Yakuts and Evenks versus 53% in Russians. For the rs2294918 polymorphism, the protective allele A is virtually absent in Yakuts (6.7%) and very rare in Evenks (17%), the Russian population has a significantly higher proportion of A (43%). For rs1260326 of the GCKR gene, the risk allele T was more common in Russians than in Yakuts and Evenks. For the associated SNP rs780094, Russians have a higher percentage of the risk allele A, approximately 48% versus 40% in Yakuts and 44% in Evenks. Linkage disequilibrium (LD) analysis between the pair of polymorphisms rs738409 and rs2294918 in the PNPLA3 gene showed an extremely weak association between these SNPs. Polymorphisms rs780094 and rs1260326 GCKR demonstrated strong linkage in all three studied samples. In the Russian sample, an association was noted between the genotype of the rs738409 PNPLA3 polymorphism and the concentration of triglycerides, and polymorphisms of the GCKR gene showed a significant effect on ALT activity. The obtained data are consistent with the hypothesis that some pathological alleles became established in northern populations due to previous adaptive advantages, but in modern conditions, they have transformed from beneficial to harmful.

PNPLA3GCKRНАЖБПякутыэвенкирусскиеPNPLA3GCKRNAFLDYakutsEvenksRussiansReferencesБашарин Г.П. История земледелия в Якутии: XVII в.-1917 г. Том. 1. Якутск: Якутское книжное изд-во; 1989. 348 с.Basharin G.P. History of agriculture in Yakutia: XVII century - 1917. Vol. 1. Yakutsk: Yakut book publishing house; 1989. 348 p.Вовк Е.И. Неалкогольная жировая болезнь печени как проатерогенное заболевание: диагностика и лечение в общей практике. // РМЖ. Медицинское обозрение. 2017. № 2 (1). С. 68-79.Vovk E.I. Non-alcoholic fatty liver disease as a proatherogenic disease: diagnosis and treatment in general practice. RMJ Medical Review. 2017. No. 2 (1). P. 68-79.Тяптиргянова Т. М. Особенности клинического течения хронических диффузных заболеваний печени в условиях Крайнего Севера // Вестник Якутского государственного университета имени М.К. Аммосова. 2006. № 3 (4). С. 32-37.Tyaptirgyanova T. M. Features of the clinical course of chronic diffuse liver diseases in the Far North. Vestnik of the M.K. Ammosov Yakut State University. 2006. No. 3 (4). P. 32-37.Alyavi A.L., Sobirova G.N., Karimov M.M. Association of rs738409 Polymorphism in the PNPLA3 Gene with Nonalcoholic Fatty Liver Disease. International Journal of BioMedicine 4(4) (Suppl 1) (2014) S8-S11.Alyavi A.L., Sobirova G.N., Karimov M.M. Association of rs738409 Polymorphism in the PNPLA3 Gene with Nonalcoholic Fatty Liver Disease. International Journal of BioMedicine 4(4) (Suppl 1) (2014) S8-S11.Donati B, Motta BM, Pingitore P, et al. The rs2294918 E434K variant modulates patatin-like phospholipase domain-containing 3 expression and liver damage. Hepatology. 2016 Mar;63(3):787-98. doi: 10.1002/hep.28370.Donati B, Motta BM, Pingitore P, et al. The rs2294918 E434K variant modulates patatin-like phospholipase domain-containing 3 expression and liver damage. Hepatology. 2016 Mar;63(3):787-98. doi: 10.1002/hep.28370.Ensembl [Электронный ресурс]. / Ensembl genome browser: URL: https://www.ensembl.org/index.html.Ensembl [Электронный ресурс]. / Ensembl genome browser: URL: https://www.ensembl.org/index.html.Fernandes Silva L., Vangipurapu J., Kuulasmaa T., et al. An intronic variant in the GCKR gene is associated with multiple lipids. Sci Rep. 2019 Jul 15;9(1):10240. doi: 10.1038/s41598-019-46750-3.Fernandes Silva L., Vangipurapu J., Kuulasmaa T., et al. An intronic variant in the GCKR gene is associated with multiple lipids. Sci Rep. 2019 Jul 15;9(1):10240. doi: 10.1038/s41598-019-46750-3.Federico A, Rosato V, Masarone M, et al. The Role of Fructose in Non-Alcoholic Steatohepatitis: Old Relationship and New Insights. Nutrients. 2021 Apr 16;13(4):1314. doi: 10.3390/nu13041314.Federico A, Rosato V, Masarone M, et al. The Role of Fructose in Non-Alcoholic Steatohepatitis: Old Relationship and New Insights. Nutrients. 2021 Apr 16;13(4):1314. doi: 10.3390/nu13041314.Fructose overconsumption causes dyslipidemia and ectopic lipid deposition in healthy subjects with and without a family history of type 2 diabetes. / Lê KA, Ith M, Kreis R, [et al.] //Am J Clin Nutr. 2009;89(6):1760-5. doi: 10.3945/ajcn.2008.27336.Fructose overconsumption causes dyslipidemia and ectopic lipid deposition in healthy subjects with and without a family history of type 2 diabetes. / Lê KA, Ith M, Kreis R, [et al.] //Am J Clin Nutr. 2009;89(6):1760-5. doi: 10.3945/ajcn.2008.27336.Gao H, Liu S, Zhao Z, et al. Association of GCKR Gene Polymorphisms with the Risk of Non-alcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in a Chinese Northern Han Population. J Clin Transl Hepatol. 2019 Dec 28;7(4):297-303. doi: 10.14218/JCTH.2019.00030.Gao H, Liu S, Zhao Z, et al. Association of GCKR Gene Polymorphisms with the Risk of Non-alcoholic Fatty Liver Disease and Coronary Artery Disease in a Chinese Northern Han Population. J Clin Transl Hepatol. 2019 Dec 28;7(4):297-303. doi: 10.14218/JCTH.2019.00030.Haploview v. 4.2 [Электронный ресурс]: http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/haploview.Haploview v. 4.2 [Электронный ресурс]: http://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/medical-and-population-genetics/haploview/haploview.Moon AM, Singal AG, Tapper EB. Contemporary Epidemiology of Chronic Liver Disease and Cirrhosis. Clin Gastroenterol Hepatol. 2020 Nov;18(12):2650-2666. doi: 10.1016/j.cgh.2019.07.060.Moon AM, Singal AG, Tapper EB. Contemporary Epidemiology of Chronic Liver Disease and Cirrhosis. Clin Gastroenterol Hepatol. 2020 Nov;18(12):2650-2666. doi: 10.1016/j.cgh.2019.07.060.Salari N., Darvishi N., Mansouri K., et al. Association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and nonalcoholic fatty liver disease: a systematic review and meta-analysis. BMC Endocr Disord 2021;125(21). https://doi.org/10.1186/s12902-021-00789-4.Salari N., Darvishi N., Mansouri K., et al. Association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and nonalcoholic fatty liver disease: a systematic review and meta-analysis. BMC Endocr Disord 2021;125(21). https://doi.org/10.1186/s12902-021-00789-4.Schwartz BE, Rajagopal V, Smith C, et al. Discovery and Targeting of the Signaling Controls of PNPLA3 to Effectively Reduce Transcription, Expression, and Function in Pre-Clinical NAFLD/ NASH Settings. Cells. 2020 Oct 7;9(10):2247. doi: 10.3390/cells9102247.Schwartz BE, Rajagopal V, Smith C, et al. Discovery and Targeting of the Signaling Controls of PNPLA3 to Effectively Reduce Transcription, Expression, and Function in Pre-Clinical NAFLD/ NASH Settings. Cells. 2020 Oct 7;9(10):2247. doi: 10.3390/cells9102247.Sliz E, Sebert S, Würtz P, et al. NAFLD risk alleles in PNPLA3, TM6SF2, GCKR and LYPLAL1 show divergent metabolic effects. Hum Mol Genet. 2018 Jun 15;27(12):2214-2223. doi: 10.1093/hmg/ddy124.Sliz E, Sebert S, Würtz P, et al. NAFLD risk alleles in PNPLA3, TM6SF2, GCKR and LYPLAL1 show divergent metabolic effects. Hum Mol Genet. 2018 Jun 15;27(12):2214-2223. doi: 10.1093/hmg/ddy124.Speliotes EK, Yerges-Armstrong LM, Wu J, et al. Genome-wide association analysis identifies variants associated with nonalcoholic fatty liver disease that have distinct effects on metabolic traits. PLoS Genet. 2011 Mar;7(3):e1001324. doi: 10.1371/journal.pgen.1001324.Speliotes EK, Yerges-Armstrong LM, Wu J, et al. Genome-wide association analysis identifies variants associated with nonalcoholic fatty liver disease that have distinct effects on metabolic traits. PLoS Genet. 2011 Mar;7(3):e1001324. doi: 10.1371/journal.pgen.1001324.Xu R, Tao A, Zhang S, et al. Association between patatin-like phospholipase domain containing 3 gene (PNPLA3) polymorphisms and nonalcoholic fatty liver disease: a HuGE review and meta-analysis. Sci Rep. 2015 Mar 20;5:9284. doi: 10.1038/srep09284.Xu R, Tao A, Zhang S, et al. Association between patatin-like phospholipase domain containing 3 gene (PNPLA3) polymorphisms and nonalcoholic fatty liver disease: a HuGE review and meta-analysis. Sci Rep. 2015 Mar 20;5:9284. doi: 10.1038/srep09284.Zain SM, Mohamed R, Mahadeva S, et al. A multi-ethnic study of a PNPLA3 gene variant and its association with disease severity in non-alcoholic fatty liver disease. Hum Genet. 2012;131(7):1145-52. doi: 10.1007/s00439-0121141-y.Zain SM, Mohamed R, Mahadeva S, et al. A multi-ethnic study of a PNPLA3 gene variant and its association with disease severity in non-alcoholic fatty liver disease. Hum Genet. 2012;131(7):1145-52. doi: 10.1007/s00439-0121141-y.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.